O Conselho Deliberativo Nacional é a instância máxima de decisão e reúne-se quadrimestralmente, sendo constituído pelos membros da Diretoria Executiva e pelos presidentes das 27 Associações de Pessoal da Caixa Econômica Federal (Apcef).

A Diretoria Executiva é o órgão colegiado, normativo e executivo, composto por nove integrantes (presidente e vice-presidente e as diretorias: Financeiro e Administrativo, Comunicação e Imprensa, Cultura, Esportes, e diretores executivos).

O Conselho Fiscal é composto por seis membros, sendo três titulares e três suplentes.

A renovação da Diretoria Executiva e do Conselho Fiscal é feita a cada três anos por meio de eleição direta. Estão aptos a votar todos os empregados da Caixa (ativos e aposentados) que pertençam às Apcefs.